Il multiple windows si può avere SOLO con fat32 perchè non esistono driver per fare leggere e scrivere per NTFS.
Il problema dei nur è dovuto alla FAT corrotta della penna USB, se viene tolta senza smontarla etc capita.
Si dovrebbe provare e formattarla con RmPrepUSB dato che cancella e ripristina proprio l'mbr e quindi può sistemare penne che sono state corrotto o danneggiate con altri software